超级怪物杜林卡突然出现在东京港。年轻的德库太郎挺身而出,单挑击败了怪物,赢得了赛斯团队的关注,成为赛斯团队中的一员。在另一场与怪物的战斗中,他牺牲了自己的生命,而此时,奥特的母亲将太郎的生命交给了德川家康,德川家康因此成为了奥特曼太郎。前一年在全国比赛中获胜的主人公小野坂加多属于北方普通高中。组成这支队伍的高年级学生已经陆续毕业和退休。作为新一代球队,他们通过相互激励、支持和提高,以连续统治为目标,成功进入全国比赛。之后,决定性的时刻到来了。