地球即将毁灭,尼夫和阿斯托里亚都死了。。。为了拯救世界,剩下的伊卡洛斯带着樱井智慧树飞到了天空中的锡那普斯城。在美丽的天空中,伊卡洛斯回忆起过去的日子。。。和主人在一起的时间,每一天、每一分钟、每一秒,都非常快乐。。。
那里,是威胁和平的人类之敌“恶魔党”大施淫威,与之对抗的Gatchaman率领的“科学忍者队”不停战斗的世界。 但,在对于这个世界的样子感到违和感的他们面前,一个男人的身影出现了。那是科学忍者队的创设者南部博士。对本应相识的健露出诡异表情的南部,向英雄们说出了意想不到的话语。“看来你们似乎是我的敌人”……。 此外,还有一个一直在楼顶窥视他们的身影。那是曾和健一同并肩对抗恶魔党的,科学忍者队No.2。 其名为“神鹰乔”。 四大英雄的全新激斗,将在银幕上拉开帷幕!
在一座古风盎然的城市,樱花乱舞的季节里,少年关耕儿(本城雄太郎 配音)与青梅竹马凉浦夏希(渡边麻友 配音)过着平凡快乐的生活,他们斗嘴吵闹,暗藏心事。