哥斯拉落入三元山后，日本过了五年平静的生活，但自卫队打算利用哥斯拉的细胞制造对付哥斯拉，以防万一；抗核细菌；（ANB），以及在与哥斯拉的战争中被摧毁的超级武器；超级_ X”；转换为“；超级X2”此时，哥斯拉实际上在三元山再次开始移动，这在日本关东引发了地震，并导致白神博士杀死了与他的女儿细胞和玫瑰细胞混合的植物。因此，白神博士加入了ANB计划，他将哥斯拉细胞与混合了她的女儿细胞和玫瑰细胞的植物结合在一起，创造了不朽的植物Biolanti。但在一次事件中，Biolanti被释放，并在里德湖变得巨大。此时，哥斯拉在三元山爆炸后再次出现。自卫队无法阻止哥斯拉向东京进发，随后派出了"；超级X2”；让哥斯拉改变运动方向，但在哥斯拉的持续攻击下"；Super X2也被击败了，但哥斯拉没想到此时会向比奥兰蒂的位置移动