“新生篇章”的内容延续自第24集的内容:在第17使徒被消灭后,SEELE向NERV发出命令,要求EVA第一架飞机负责执行“人类完成计划”。然而,秀吉并不同意SEELE的做法,并拒绝执行。SEELE认定这是一种反叛行为,并决定彻底消灭NERV。黎明时分,NERV总部突然遭到战略自卫队的袭击,他们对NERV人员进行了残酷的屠杀。为了保护司机,葛成美利下令将精神崩溃的阿基拉送上第二架飞机,并将其安置在湖底深处。他亲自去营救日久真嗣。但在这一点上,Ikashi Shinji已经处于精神崩溃的边缘。
在这期间,知贺渐渐发现自己好像爱上了会长,他情不自禁吻了他,二人的关系从此发生变化。 与此同时,一个神秘的入侵者潜入国齐家里,对他进行性侵犯。知贺及时赶到,救了国齐。对于国齐的遭遇,知贺感到后悔莫及,怪自己没有好好保护他。惊魂未定的国齐却掩盖了一个羞于启齿的事实:他把神秘人的侵犯当成了知贺的爱抚。以后他将如何面对知贺……
女主(久间田琳加 饰)的高中前男友成濑大和(盐野瑛久 饰),同时也是男主(山中柔太朗 饰)的哥哥,三人将展开一段复杂的三角恋爱。