尽管与父亲关系疏远，但毕竟母亲很宠爱她，她的家庭很富裕，她美丽而华丽。莉娜（由北川静子饰演）原本有着令人羡慕的背景。然而，在莉娜看来，每个人都是不可信的，友谊只是利用关系的一种形式。
每个人都有自己不想展现给别人的一面。这是一个情报战时代，世界各国都充分参与其中，但从表面上看，它们保持沉默。东西方国家已经卷入冷战十多年了。黄昏“是西方情报机构WISE旗下的一名高级间谍，专门与东方打交道。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
