故事发生在1999年，那个不详的世纪之末。坐落在深山之中，由于不断的发生灵异事件而被称为“超自然学院”的私立学校里，迎来了它年轻强势的新一任校长——神代玛雅（日笠阳子 配音）。
故事发生在皇都五区一个僻静的角落，那里有一家咖啡店。在咖啡馆工作，一群自律的机械木偶女孩汇聚了技术的精华。他们曾经作为武器参加了刚刚结束的战争。在战后宝贵的和平时期，他们也试图找到自己的人生意义。
自己的阳台栏杆上出现了像被单一样挂在上面的少女，这种非现实的情节出现在了上条当麻的眼前。虽然在这个城市——最先进科学引导的学院都市中，超能力已经可以通过科学技术创造出来，但是眼前这位自称“茵蒂克丝”的少女还是把上条当麻吓了一条。
