14年前,第一架飞机被怀疑是第一种神化形式的觉醒带来了近三次冲击,在世界上引发了前所未有的动荡。之后,前NERV成员,如葛成梅丽(三石琴配音)逃离并建立了Wille,Wille反抗Seele和NERV。
就读于穗群园学园的普通女孩伊利亚,某天遇到了自称是人造自然精灵的红宝石万花筒魔法杖,被迫签约成为魔法女孩伊利亚。此时,她是红宝石之星的持有者,并成为魔术师袁班琳的奴隶,袁班琳是万花筒之杖的原始持有者。在他的指挥下,她被迫帮助取回军衔卡。
有一个自称是电影制片人的男子经常诱奸少女,叶是一女警奉命调查这件事。叶的好朋友黄是记者,对案子有了浓厚的兴趣。