全人类被神奇的现象一瞬间石化后过了几千年—— 拥有超人般头脑、天生的科学少年·千空苏醒了。 在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。
该剧改编自科加·基（Koga Kei）的漫画《追寻线索：科学研究所法医研究员的回忆》（Chasing Clues:The Remembrance of The Scientific Research Institute’s Forensic Researcher），告诉了科学研究所法医研究员丽塔·马萨诺（Rita Masano）及其同事为解开一个谜团所使用的科学方法的故事。
这一天，一个女孩拿着一把太刀剪刀出现在本能性格学校的门口。她的名字叫诺六子（小泉雅美配音），她来到这个危险的地方是为了调查杀害她父亲的真凶。没想到，在她抵达后不久，就遭到了德川家康（德川稻田配音）、杉山漩涡（Keiyama Xiu配音）等学生会四大天王的阻挠。关键时刻，菊六子竟然收到了父亲亲手制作的黑色神衣，战斗力大增。本能性格学院展开了一系列激烈的战斗
